Prawidłowa organizacja pomocy psychologiczno-pedagogicznej wymaga skoordynowania podejmowanych działań z celami i zadaniami statutowymi szkoły. Ich efektywność zależy przede wszystkim od tego, czy dyrektor, nauczyciele i specjaliści będą działać adekwatnie do potrzeb dzieci i młodzieży. Ułatwieniem w skutecznym organizowaniu pomocy będzie racjonalne jej planowanie oraz działanie zgodnie z harmonogramem prac.